Instituição de ensino superior que teve suas metodologias reformadas por Marquês de Pombal. Ele renovou o currículo da universidade de acordo com seus interesses iluministas de liberdade e progresso, valorizando o racionalismo e a ciência, e de acordo com as ideias do Absolutismo Esclarecido, em que o poder absoluto do rei é justificado por motivos racionais.


Basicamente, a instituição passou a ter uma educação mais científica, com a inclusão de novas matérias técnicas e científicas e a substituição dos professores predominantemente eclesiásticos, em alguns casos jesuítas, por professores régios. As faculdades jurídicas, Cânones e Leis, e de Teologia passaram a ter uma perspectiva historicista, integrando seu ensino em concepções político-eclesiásticas galicanas, de acordo com o absolutismo esclarecido de D. José. Além disso, o reitor também foi substituído pelo Reitor-Reformador D. Francisco de Lemos.